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https://www.youtube.com/watch?v=OQe04SiT8I0
視覺化處理細胞群之間的關聯,flowjo 也可以如同single cell sequencing 一樣用tSNE plot來分群 Tutorial on tSNE and FlowSOM Step-by-Step tool usage in FlowJo V10
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1.開放近用(Open Access, OA)運動 2. Impact Factor(IF) 3. 掠奪性期刊 4. 巨期刊 參考資料: 注意掠奪性期刊 要了解掠奪性期刊,必須先提到OA 開放近用(Open Access, OA)運動: OA 運動的主要訴求,是讓全世界的人,只要有電腦可以上網,就可以自由、免費的取得學術研究的成果。OA 運動分為二類: 一是稱為 Gold OA publishing,即出版商直接讓期刊文章、書籍、研究成果在出版時,就開放給所有人免費取用;出版費用由研究者(作者)支付,以支持稿件處理、網路刊登、學術出版機制的費用。 第二種稱為 Green OA (又稱為 self-archiving),意指出版商的政策中,可以保留讓作者將作品自我典藏於機構或個人網站的空間。對研究者(作者)來說,他們可以拿自己經過同儕審查的作品,在出版商規定的一段特定時間後,放在某個開放的資料庫(例如服務機構的機構典藏)或個人網站中。 OA 運動雖然立意甚佳,許多掠奪性期刊打著 OA 出版的名號,實際上卻濫用其理念,向研究者(作者)索取高額的出版費用,已對學界造成不小的困擾。 ________________________________________________________________________ 什麼是 Impact Factor(IF)? 中文譯成「影響指數」、「影響係數」或「衝擊指數」。 怎麼知道這本期刊比另一本期刊水準高?一篇論文比另一篇論文品質好呢? 1975 年起 Thomson Reuters 公司開始出版期刊引用報告 JCR,針對 SCI、SSCI 資料庫收錄的約 11,000 本期刊進行評量調查,每一本期刊都會有一個 IF 值。現在 JCR 由科睿唯安公司(Clarivate Analytics)承接每年的 Impact Factor 出版工作。 但是,些公司也會針對旗下的期刊提出自己的 IF 數據。這些數據許多都不是經過嚴謹、科學的方法計算而來,但卻用「index」或「impact factor」等字眼去試圖誤導研究者,吸引他們去投稿。在 Beall’s List 網站中,就蒐集並列舉出一些誤導及假影響指標的清單。 (Misleading Metrics:https://beallslist.net/misleading-metrics/) ____________________________________________________________________________________________ 什麼是掠奪性期刊呢? 掠奪性期刊主要會針對研究者(作者),承諾提供他們快速的發表程序,再向他們收取高額的投稿及刊登費用,然而卻欠缺其聲稱的同儕審查、製作索引、編輯業務等出版服務及運作。 黑名單與白名單? https://ethics.moe.edu.tw/files/demo/demo_u91/ 但是掠奪性期刊的清單,其實一直都需要更新,而且也不容易完全列舉 以前曾經有過Beall’s List of Predatory Journals and Publishers Jeffrey Beall 是美國科羅拉多大學的研究員,為了避免「開放近用」的理念被誤用,也為了確保研究者的成果能被正確發表,Beall 在 2008 年左右,開始整理開放近用的期刊,同時發明了「Predatory Journal」這個名詞,並進一步架設網站,羅列出疑似是掠奪性期刊的名單與出版社,分別是 List of Publishers 及 List of Standalone Journals;這二份名單成為學界知名的 Beall’s List。 然而,這文件也引起一些爭議,有些人質疑其對於期刊品質鑑定之公正性,收錄到其中的原因不夠明確,資訊也不夠透明。一些被列進去的期刊開始反擊與訴訟。隨著 Beall’s List 的上線,替 Beall 本人帶來許多的困擾,因此 Beall 本人於 2017 年宣布不再參與 Beall’s List 的更新,Beall’s List 網站目前是交由匿名人士進行管理和維運。 如果覺得要查哪些是不良期刊太麻煩(例如查詢 Beall’s List of Predatory Journals and Publishers),或許可以考慮搜尋正向列表出的正規期刊,例如查詢 JCR 系統上的 Master Journal List、國立陽明交通大學圖書館整理出來的各領域優良期刊清單(https://www.lib.nycu.edu.tw)。 原文出處(節錄部分): 周倩、潘璿安(2024,5月)。注意掠奪性期刊〔線上課程〕。教育部臺灣學術倫理教育資源中心。https://ethics.moe.edu.tw https://ethics.moe.edu.tw/files/demo/demo_u91/ ____________________________________________________________________________________ Mega journal的特點有哪些? 根據B-Christer Björk對於Mega journal的定義,Mega journal具有下列5項主要特點(Björk, 2018),包括:
雖然mega journals具有出版量大、快速出版和向作者收取APC等特點,這些剛好也是掠奪型期刊的特點,但掠奪型期刊的爭議點仍在於是以不合理高昂的APC、保證登刊等方式,欺瞞作者投稿,故不能簡易的將Mega journal與掠奪型期刊畫上等號。 摘錄自: http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/27792 Mega Journal本身並不一定是掠奪性期刊(predatory journal),但由於其特點與掠奪性期刊相仿之特性,往往在審查者減少人工作業區分判別的情況下,會容易將Mega journal直接列入禁地,就不用一本一本去長時間審查,以免造成後續的學術倫理問題。 https://org.vghks.gov.tw/erli/News_Content.aspx?n=85B454E18425D471&sms=04CA50439562F4D2&s=D39BB54BDDC79CB7 延伸閱讀資料: 教育部臺灣學術倫理教育資源中心 (moe.edu.tw) 2024 學術倫理專題講座「從研究發表整體紀錄來看學術投稿之趨吉避凶:認識掠奪型期刊與巨型期刊」 2024 年 6 月 18 日(二)09:00 - 12:00 https://ethics.moe.edu.tw/resource/lecture/detail/23/ 請從以上連結下載簡報檔案: 1. 簡報:從研究發表整體紀錄來看學術投稿之趨吉避凶認識掠奪型期刊與巨型期刊 2. 附件:臺大醫學院「加強實質審查期刊」參考資訊(2022.5.6版) 儀器分析軟體Flow jo https://www.youtube.com/playlist?list=PL1CLYWYlG9UxlkJMPKmkSHTNxbPeqp5N7 以上為介紹影片系列 Flow jo可以下載plugin,可以執行UMAP, FlowSOM, t-SNE https://www.flowjo.com/exchange/#/ Imaris 3D分析軟體 台灣大學提供的教育訓練影片 臺大顯微影像核心 NTU Imaging Core 臺大一共顯微影像核心 03 Imaris 功能介紹 https://www.youtube.com/watch?v=CO3YZUmY7og&t=1445s 臺大一共顯微影像核心 04 Imaris data Import and 3D viewer https://www.youtube.com/watch?v=d7fvNdZNPSM&t=45s 臺大一共顯微影像核心 05 Imaris Spot module and Measure Pro module (細胞或胞器計數與三度立體空間量測) https://www.youtube.com/watch?v=BMUs2EiC5kI 臺大一共顯微影像核心 06 Imaris Surface module (立體建模與立體物件分析) https://www.youtube.com/watch?v=UEAe8yw6hoc 臺大一共顯微影像核心 07 Imaris Filament module (管狀結構如神經與血管分析) https://www.youtube.com/watch?v=nLdPQ_80d1M 臺大一共顯微影像核心 08 Imaris Cell module (細胞與胞器立體建模與分析) https://www.youtube.com/watch?v=zpxocyjM9Jk 臺大一共顯微影像核心 09 Imaris Tracking module (動態追蹤, 細胞或胞器分裂與細胞譜系分析) https://www.youtube.com/watch?v=WQ8CgJ3Cf38&t=4043s 臺大一共顯微影像核心 10 Imaris Colcolization & XT & Batch & Deconvolution (共定位, 批次, 去卷積與延伸功能) https://www.youtube.com/watch?v=f3DJBHqH5EE 賴亮全老師實驗室 研究基本功賴亮全教授- 國立台灣大學醫學院生理學研究所
其實驗室網站提供很多研究基本功,統計問題處理,與基因調控相關研究的說明文件,有系統化的整理非常值得參考。 http://llai.cm.ntu.edu.tw/dir/documentBrowse/1089 |
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